Европейский патент вступает в силу исключительно в тех странах, где он валидирован. "Валидация" европейского патента заключается в национальной адаптации патента, переводе заявки на язык государства, где намечается применение данного изобретения. То есть с момента выдачи европейского патента, он распадается на определенное число отдельных национальных патентов в разных государствах, переходя соответственно под юрисдикцию патентных ведомств этих государств. В итоге на руках патентообладателя европейского патента по факту оказывается связка национальных патентов, и за каждым из них нужно юридическое наблюдение, своевременная уплата патентной пошлины за поддержание в каждом государстве.
Также не очень удобным моментом во владении европейским патентом является то, что в случае возникающих нарушений исключительного права патентообладатель, как правило, принимающий охранные меры несет затраты. При этом, принятое решение по факту нарушения европейского патента в одном государстве вполне может противоречить решению, вынесенному по этому же делу в другом государстве (этот недостаток называют "негармонизированным судопроизводством"), а в итоге правообладатель получает высокую стоимость и непредсказуемость судебных решений.